In het verleden kwamen de Turkse en de zionistische staat goed met elkaar overeen. Dat waren de tijden van de militaire dictaturen. Sinds de islamistische AKP aan de macht is, verzuurde de relatie snel. Nu de Turkse legertop vervangen is (kort gezegd: seculieren buiten, islamistischgezinden in de plaats), dreigt de relatie helemaal te eindigen.
Toen Israël de flotilla met hulpgoederen voor Gaza aanviel, vielen er meerdere doden. Vanwege de aanwezigheid van Turkse staatsburgers eiste Turkije excuses. Deze eis werd groter nadat een VN-rapport werd gepubliceerd dat Israël excessief geweld toedichtte. Turkije werd verweten de actievoerders niet genoeg geïnformeerd te hebben over de te verwachten risico’s aan boord van de reis en de Gaza-vloot werd roekeloosheid toegedicht. Israël weigerde echter elke vorm van excuses en stelde zijn eigen onderzoekscomité in. Dat comité stelde haar conclusie meerdere keren uit om de eigen strijdkrachten toch maar niet te bruskeren. Uiteindelijk stelde de Israëlische conclusie dat alle geweld gerechtvaardigd was. Excuses werden niet aangeboden.
Als antwoord hierop heeft Turkije nu de Israëlische ambassadeur uitgewezen en wordt alle samenwerking, vooral militaire samenwerking is altijd belangrijk geweest, tussen Turkije en Israël stopgezet. Na de Arabische Revolutie waren de verhoudingen tussen Israël en Egypte reeds gespannen, nu lijken de Turks-Israëlische verhoudingen af te stevenen op een breuk.